寻找新的“奶酪”

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——IBM在生命科学领域的发展计划 hU-FSdR  
  一个行业的科技变革由另一行业的科技进步而促成的先例在人类历史上是不常见的,但这正是今天生命科学所面临的情况，信息科学有史以来首次成为推动实验生物学发展的原动力。这一趋势明显地表现在所有与了解疾病起因和新药开发相关的关键领域中—— 基因组学、蛋白质组学以及代谢途径的研究等。这些专业的研究需要依靠强大的计算机系统来完成大量的数据处理工作。IBM正在与包括许多著名生物科技公司和制药公司在内的生命科学领域的公司合作，满足他们在信息科技方面的需求。  %G\nl  
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对IT厂商来说，生命科学研究的进展意味着无限的商机。IBM亚太区生命科学部副总裁Michael Dixon先生说：“到2004年，生命科学将为IBM带来超过400亿美元的市场机会，而亚太区将占据其中20％的市场分额。”这或许是IBM在2000年启动其生命科学战略的真正原因。 l7jen=(Zb;  
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在高性能计算领域，IBM生命科学研究小组正在调用公司的超级计算力量，为客户提供处理分析大量基因组和蛋白质数据的能力，帮助解决一些我们目前面临的最复杂的医学挑战，包括癌症和心脏疾病的治疗。 &'&) E((  
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IBM研究中心是世界上最大的信息科技研究组织。它在6个国家拥有8个实验室和3000多名科学家和工程师，其突破性的研究成果已经在IT产业中得到广泛应用。在位于纽约约克镇的生物学计算中心，50多名研究人员专门从事生命科学领域的研究；在位于硅谷的阿莫顿研究院，IBM有一个小组专门进行与数据集成相关的研究项目。 #}B1W&\sw  
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为了满足生命科学研究对计算机处理能力的需求，IBM在1999年12月启动了“蓝色基因（Blue Gene）”项目，并投资1亿美元，用于制造一台计算速度高于今天任何一台计算机100倍的超级计算机——蓝色基因(Blue Gene)。该项目的目标有两个：其一是通过大规模的生物分子仿真，帮助人们更好地了解蛋白质折叠的机制;其二是探索并行计算机结构和软件的理想模式。据介绍，蓝色基因电脑将在2004年左右问世，它将是一台具有PT级浮点运算能力的计算机。 GvG8s6IZ  
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除此之外，IBM的研究人员还开发了各种不同的计算工具和模型，用以发现和划分分子模式的类别，例如，TEIRESIAS计算法——一种模式分析算法，用来帮助将目前生物学排序模式化；Bio-Dictionary——一本为加快对蛋白质形状和功能了解而设计的、包括3000万个以上蛋白质“单词”的字典。 &8l?$7S"_/  
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通过与Lawrence Livermore国家实验室的合作，IBM已经制造了全世界最快的超级计算机——ASCI White，它每秒可进行12兆次计算，3倍于现有的其他任何计算机。 y3b"'-%  
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数据集成和管理是生命科学家面临的最大挑战，也是IBM的主要研究领域，已经开发出的数据连接中间件——DiscoveryLink在生命科学研究领域得到了认同，并且已经在一些研究机构和生特制药企业得到重用。 &.DRAD)  
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目前，与生命科学有关的信息分别存储在公共和专有的数据库中，这些数据格式各异，难以共享。为了解决这一难题，IBM研究开发了数据库中间件——DiscoveryLink。利用它，生命科学家能够建立一个包容不同来源、不同格式数据的“虚拟数据库”，方便地搜寻变化多样的数据资源，并以单一格式阅读信息，而不必移动数据或改变数据的原始格式。例如，一个研究人员可以用DiscoveryLink将一种目标药物与其他类似的化合物做比较，同时查询内部和外部的数据资源。 C.:S@
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在数据库方面，IBM 的DB2能够进行复杂数据分析，如基因表达、蛋白分子，化学途径和医学临床结果。目前还没有其他数据库能提供像DB2这样的高性能、高扩展性和高可靠性。通过独立商业机构的测试，IBM的DB2表现出破记录的交易量、扩展性和管理世界上最大数据库（116 tB）的能力。利用DB2 Universal database，研究人员可以对人类基因组、蛋白质、化学过程和药物进行复杂的数据研究。 5o 5DG  
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IBM的数据管理的切入点基于联合数据库。Dixon先生认为这种切入点非常重要，因为主要的数据资源正以不同格式在不同地区增加。联合数据库的想法是DiscoveryLink的基础，它使得用户可以充分利用每一个数据资源独特的功用，不管它存放在何处。 LKcp.i  
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生物信息学是一个交叉学科，对生命科学研究人员来说，掌握复杂的IT技术是一项极具挑战性的任务，因此IT公司提供的全球性咨询和服务是至关重要的。 #~/9cVm$  
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IBM全球服务部制订了一项生命科学咨询准则，以帮助生物科技和制药组织用信息技术加速开发新的医学治疗手段。IBM全球生命科学咨询和解决方案部门提供的服务包括：需求评估、解决方案设计和实施服务、全面企业推广等。 (_ :82@c  
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Dixon先生谈到，IBM在高性能计算、数据管理和咨询服务方面的优势正在帮助众多的制药企业缩短新药的研发周期。例如，全球服务部已经为DiscoveryLink和其他科学应用提供了应用主机托管和维护服务，研究人员只需要根据研究需求，发出查询命令，就可以获得来自数个或数十个数据库的数据，得到原来需要通过复杂查询和分析才能得到的结果。 ZT*}KJm  
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除了极高的处理能力和数据的集中管理外，海量存储也是生命科学研究不可缺少的基础设施。自40年前发明磁盘存储以来，IBM在每一次重要的存储开发中都起着开拓作用，目前，IBM已经向生命科学界提供了先进的、高性能的存储系统，用于存放、访问和读取基因组、蛋白质组的数据。IBM的“鲨鱼（Shark）”企业存储服务器是特别为严谨的研究数据分析设计的，这些数据通常存放在多种计算和存储的平台上。据统计，全球有超过7PB的数据存放在“鲨鱼”系统上。 eL"'- d+]  
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实际上，生命科学始终是IBM系列发展计划中的重要一项。IBM专门成立了生命科学部门，由IBM董事会副主席John M. Thompson管理。该部门的业务分为七块：制药、农业科学、生物科技、生物信息和生物内容、政府/学术机构、装置和诊断及e-健康。在副总裁Carol Kova带领下，这个新的商业单位像催化剂一样把IBM的资源调动到一起。截止到目前，IBM已经与全球多家制药企业建立了合作关系，利用其生命科学解决方案，帮助这些企业缩短新药开发周期和成本。